Projecte llegit

Títol: Estudi de les interaccions de les proteïnes LHP1 i PIF7 en Arabidopsis Thaliana

---

Estudiant que ha llegit aquest projecte:

BENAIGES CROS, BIEL (data lectura: 30-10-2023)
   Cerca aquest projecte a Bibliotècnica

---

Tutor/Cotutor: ROIG VILLANOVA, IRMA

Departament: DEAB

Títol: Estudi de les interaccions de les proteïnes LHP1 i PIF7 en Arabidopsis Thaliana

Data inici oferta: 16-12-2022      Data finalització oferta: 16-07-2023

---

Estudis d'assignació del projecte:

GR ENG SIS BIOLÒGICS

Lloc de realització:


En empresa (cal signar un conveni de cooperació)

        Tutor Extern: Jordi Moreno Romero
        Institució/Empresa: Universitat Autònoma de Barcelona

Paraules clau:
PIF7, LHP1, cromatina, Arabidopsis, factors de transcripció, interacció proteïna-proteïna

Descripció del contingut i pla d'activitats:
El control a nivell transcripcional de l'expressió gènica és clau
per al correcte desenvolupament de les cèl·lules i per regular la
seva resposta a canvis ambientals. Entre els diferents elements
que participen en la regulació transcripcional, el control de
l'estructura de la cromatina és un dels més importants. De fet,
de manera general, quan un gen està actiu la seva cromatina es
relaxa, mentre que quan el gen s'inactiva la cromatina es
condensa. Els mecanismes que determinen aquests canvis en l'estat
d ela cromatina tan localitzats en el genoma i en el temps son
encara poc coneguts. Els candidats ideals per atreure la
maquinària remodeladora de la cromatina a regions específiques
del genoma i en determinats moments, són els factors de
transcripció. La raó per la qual aquestes proteïnes es consideren
que poden actuar com a pioneres i provocar canvis localitzats en
la cromatina és per la capacitat que tenen els factors de
transcripció d'unir-se a seqüencies molt concretes del DNA i a
més a més, per el control tan fi de la seva activitat que fa que
només actuïn en moments molt concrets. L'objectiu d'aquest
treball és relacionar els factors de transcripció amb proteïnes
remodeladores de la cromatina. En particular, estudiarem el
factor de transcripció PIF7 (PHYTOCHROME INTERACTING FACTOR 7) i
la proteïna remodeladora de cromatina LHP1 (LIKE HETEROCHROMATIN
PROTEIN 1). Per fer-ho, generarem proteïnes de fusió amb una
lligasa que provocarà la biotinilació de les proteïnes amb les
quals interactuïn PIF7 i LHP1, amb la finalitat d'establir una
xarxa d'interaccions proteiques que puguin donar suport al
possible paper de PIF7 com a factor de transcripció pioner que
atregui proteïnes remodeladores de cromatina, entre elles LHP1.

Overview (resum en anglès): In high plant density conditions, plants detect changes in the quality of the light they receive and
activate a system called the "shade avoidance syndrome", which involves a series of changes in
their development to compete with neighbouring plants for light and prevent neighbouring plants
shading them.
This mechanism is regulated by a large number and variety of proteins, such as the transcription
factor PIF7 and the chromatin remodelling protein LHP1, which have been shown to play a crucial
role in the regulation of the shade avoidance syndrome.
This work focuses on the preparation of the TurboID technique, which allows the analysis of
protein-protein interactions to better understand the mechanisms through which these proteins
regulate gene expression during response to shade. To carry this out, it is necessary to fuse the
TurboID protein (a biotin ligase) with the LHP1 and PIF7 proteins through cloning.
Starting from the LHP1-TurboID and PIF7-TurboID protein fusions (called constructs), a transient
transformation was performed in the Nicotiana benthamiana tobacco plants. Subsequently, the
genetic expression of RNA and the presence of the fused proteins were analysed in vivo through
Western Blot and confocal microscopy.
Finally, the activity of the biotin ligase of the fused proteins was evaluated through biotin detection.
These experiments confirmed the proper functioning of the generated constructs, which gave the
green light to the stable transformation phase and the subsequent detection of biotinylated
proteins by TurboID.

---