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Projecte llegit

Títol: ESTUDIS GENÈTICS D¿ESPÈCIES DE BAIES AMB MARCADORS MOLECULARS

Estudiant que ha llegit aquest projecte:

Tutor/Cotutor: ROIG VILLANOVA, IRMA

Departament: DEAB

Títol: ESTUDIS GENÈTICS D¿ESPÈCIES DE BAIES AMB MARCADORS MOLECULARS

Data inici oferta: 07-02-2022      Data finalització oferta: 07-10-2022

Estudis d'assignació del projecte:
    GR ENG SIS BIOLÒGICS

Lloc de realització:


En empresa (cal signar un conveni de cooperació)

        Tutor Extern: Mourad Mnejja
        Institució/Empresa: IRTA-CRAG

Paraules clau:
Genotipado, SSRs, SNPs, PCR, Variabilidad, Pedigrí, Identificación varietal, Dendrograma

Descripció del contingut i pla d'activitats:
El grupo de investigación, donde se recibirá el estudiante,
trabaja esencialmente con bayas (Fresa, frambuesa, mora,
arándano). La mayor parte de la investigación se hace en
colaboración con una empresa privada de mejora genética PLANASA
(Plantas de Navarra). A esta empresa se la da suporte
biotecnológico en sus programas de mejora vegetal, esencialmente
con marcadores moleculares.

Para cualquier programa de mejora, lo primero es caracterizar las
colecciones de parentales que se usarán como progenitores en sus
programas de mejora. La empresa las caracteriza fenotipicamente y
nosotros molecularmente para identificar las distancias genéticas
que los separan. Estas colecciones ya existen, pero que en cada
año se van nutriendo de nuevos genotipos que pueden ser
variedades nuevas o selecciones avanzadas de los propios
programas de mejora.

El estudiante hará extracciones de ADN de las nuevas
incorporaciones a las colecciones de parentales, cuantificación
del ADN extraído y genotipado de estas nuevas muestras con
marcadores tipo SSR (Simple Sequence Repeat) o SNP (Single
Nucleotide Polymorphism) según la especie. Luego tendrá que tomar
los datos, analizarlos y construir dendrogramas mediante
distancias genéticas entre los diferentes genotipos analizados.

Durante su estancia también hará estudios de identificación
varietal y de pedigrí genotipando las muestras en cuestión con el
marcador idóneo para cada caso.

Durante su estancia en nuestro grupo, se le explicará los
diferentes proyectos en los que estamos trabajando para que vaya
familiarizándose con diferentes estudios y análisis, como son la
construcción de mapas genéticos, estudios de QTLs, análisis de
volátiles con cromatografía de gases¿

Overview (resum en anglès): The main objective of my Bachelor¿s thesis is the genotyping of different samples of berries for different genetic studies, using biotechnologies such as molecular markers, which are identifiable DNA (deoxyribonucleic acid) sequences that are distributed throughout the genome and may be related to the inheritance of a gene or a trait of interest.
To carry out the different genetic studies in different berries, such as raspberry (diploid species) and cultivated strawberry (octoploid species), two types of molecular markers of codominant inheritance and better distributed across the genome were used, that are SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) and microsatellites, also called SSRs (Simple Sequence Repeats).
With the SNP genotyping using different 'OpenArray¿ chips we have studied the variability of two collections of strawberry and raspberry varieties and we have constructed dendrograms to display genetic distances between the different lines. A varietal identification study of raspberry samples was also successfully performed using microsatellite markers.

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