Projecte llegit

Títol: Estudi dels canvis en la cromatina en resposta a proximitat vegetal en diferents teixits de plantes d'Arabidopsis

---

Estudiant que ha llegit aquest projecte:

REIG VILELLA, EVA (data lectura: 18-07-2023)
   Cerca aquest projecte a Bibliotècnica

---

Tutor/Cotutor: ROIG VILLANOVA, IRMA

Departament: DEAB

Títol: Estudi dels canvis en la cromatina en resposta a proximitat vegetal en diferents teixits de plantes d'Arabidopsis

Data inici oferta: 14-12-2022      Data finalització oferta: 14-07-2023

---

Estudis d'assignació del projecte:

GR ENG SIS BIOLÒGICS
GR ENG SIS BIOLÒG 23

Lloc de realització:


En empresa (cal signar un conveni de cooperació)

        Tutor Extern: Jordi Moreno Romero
        Institució/Empresa: Universitat Autònoma de Barcelona

Paraules clau:
Epigenètica, cromatina, Arabidopsis, proximitat vegetal

Descripció del contingut i pla d'activitats:
Les plantes quan creixen en condicions d'alta densitat vegetal
competeixen per diversos recursos, entre ells la llum. Per poder
adaptar-se a aquesta situació (que anomenem condicions de
proximitat vegetal) les plantes han desenvolupat un seguit
de canvis en el desenvolupament que les fan més eficients en la
captació de llum. En plantes adultes d'Arabidopsis, una de les
respostes més clara a la proximitat vegetal és la hiponàstia de
les fulles, que va acompanyada de l'allargament del pecíol.
Curiosament, la resposta de la fulla no és la mateixa a totes les
seves cèl·lules: hi ha que s'expandeixen (com les del pecíol) i
altres que reprimeixen el seu creixement (com les de la làmina
foliar). Per aquesta raó, esperem que els canvis en l'expressió
de gens sigui diferent en aquests dos teixits. Aleshores, la
regulació a nivell de cromatina d'aquests gens també ha de ser
diferencial. El nostre interès és relacionar l'estructura
de la cromatina (específicament canvis en marques d'histones) amb
els canvis d'expressió de certs gens a les diverses parts de la
fulla quan les plantes estan en condicions de proximitat vegetal.
Dades preliminars al grup relacionen la trimetilació de la lisina
27 de la histona H3 (H3K27me3) amb la resposta a la proximitat
vegetal, però tots els experiments s'han realitzat en plàntules
de set dies. Desconeixem si aquesta marca d'histona també és
important en altres estadis de desenvolupament de la planta.
Per aquesta raó, l'objectiu d'aquest projecte és treballar amb
plantes adultes, fent una anàlisi tenint en compte la resposta
diferencial que trobem en diferents teixits. Per fer-ho, el
projecte contempla analitzar mitjançant RT-qPCR l'expressió de
gens (entre ells HFR1) en les diferents parts de
la fulla de plantes adultes i es correlacionarà amb els nivells
de H3K27me3 analitzats per immunoprecipitació de cromatina
(ChIP).

Overview (resum en anglès):

Plants have mechanisms to cope with changes in the surrounding environment. One of them is the shade avoidance syndrome (SAS), thanks to which, through changes in gene expression, they adapt their development to the quality of light they receive.
This project focuses on the regulation of genes that are overexpressed in shade studying the role of the chromatin remodeling protein LHP1, which is related to the stability of the H3K27me3 epigenetic mark. To do so, we analyze Arabidopsis thaliana plants during different stages of development, which have been subjected to a simulated shade treatment to mimic plant proximity conditions.
We were able to see how the LHP1 protein negatively regulates the HFR1 gene expression, since in the lhp1 loss-of-function mutant we see a better expression than in wild plants (Col ecotype). This role of LHP1 does not occur in all genes, since in the lhp1 loss-of-function mutant, the YUC8 gene is positively regulated. We have also seen how gene expression levels change according to the developmental stage and the tissue. By comparing the H3K27me3 levels in wild-type and lhp1 mutant, we have seen that LHP1 protein also plays a differential role in the regulation of the mark depending on the gene studied: it favors the deposition in HFR1 gene while the mark levels do not depend on LHP1 in the case of YUC8 gene.

---