CBL - Campus del Baix Llobregat

Projecte llegit

Títol: Paper del factor de transcripció PIF7 en la remodelació de la cromatina


Estudiant que ha llegit aquest projecte:


Tutor/Cotutor: ROIG VILLANOVA, IRMA

Departament: DEAB

Títol: Paper del factor de transcripció PIF7 en la remodelació de la cromatina

Data inici oferta: 14-12-2022      Data finalització oferta: 14-07-2023


Estudis d'assignació del projecte:
    GR ENG SIS BIOLÒGICS
    GR ENG SIS BIOLÒG 23

Lloc de realització:


En empresa (cal signar un conveni de cooperació)

        Tutor Extern: Jordi Moreno Romero
        Institució/Empresa: Universitat Autònoma de Barcelona

Paraules clau:
Epigenètica, cromatina, Arabidopsis, proximitat vegetal, factors de transcripció, senyalització cel·lular

Descripció del contingut i pla d'activitats:
Quan hi ha canvis ambientals, aquests són percebuts per les
plantes per donar lloc a una resposta que determina el patró
d'expressió de certs gens. Les senyals ambientals són captades
per receptors, que activen una cascada de senyalització que acaba
al nucli, on es regula l'activitat de determinats factors de
transcripció, que són els encarregats directes de controlar
l'expressió dels gens. Com que els factors de transcripció son
proteïnes d'unió al DNA, l'estat de la cromatina serà un factor
determinant en el control de la seva activitat. L'objectiu
d'aquest projecte és determinar la relació que hi ha entre les
proteïnes de senyalització, els factors de transcripció i
l'estructura de la cromatina. Per fer-ho, s'ha seleccionat una
senyal ambiental concreta: els canvis en la qualitat de la llum
provocats per la proximitat vegetal. Aquesta senyal és captada
pels fitocroms (receptors) que regulen l'activitat dels factors
de transcripció anomenats PIFs (PHYTOCROME INTERACTING FACTORS).
Aleshores, en aquest treball es relacionarà l'activitat de
fitocroms i PIFs amb canvis en la estructura de la cromatina.
Hi ha dades publicades que relacionen l'activitat dels fitocroms
i la compactació de la cromatina. A més a més, tenim dades al
nostre laboratori de que la marca epigenètica H3K27me3 (la
trimetilació de la lisina 27 de la histona H3) també participa en
la resposta transcripcional a la proximitat vegetal. Basant-nos
en aquestes dades, al treball volem mesurar com afecta la pèrdua
de funció de fitocroms i PIFs a l'estructura de la cromatina i a
la marca H3K27me3, utilitzant línies d'Arabidopsis mutants per
aquestes proteïnes. Per fer-ho, el projecte contempla analitzar
mitjançant RT-qPCR l'expressió de gens en les diferents línies
mutants i es correlacionar-los amb els nivells de H3K27me3
analitzats per immunoprecipitació de cromatina (ChIP).

Overview (resum en anglès): When there are environmental changes, these are perceived by the plants, which can respond by modifying their development to adapt to the new situation. Environmental signals are captured by receptors, which activate a signaling cascade that ends in the nucleus, where the activity of certain transcription factors is regulated, which are directly responsible for controlling the expression of environmental response genes.

Transcription factors are key to determining transcriptional activity. As they are DNA-binding proteins, the state of the chromatin will be a determining factor in the control of their activity. This work will relate the activity of the transcription factors called PHYTOCHROME INTERACTING FACTORS (PHYTOCHROME INTERACTING FACTORS, PIFs) with changes in the chromatin structure, specifically with the trimethylation of lysine 27 of histone H3 (H3K27me3).

PIFs participate in the regulation of responses to light. This work has focused on the activity of PIF4, PIF5 and PIF7 in response to plant proximity, also called shade. Preliminary data from the laboratory indicate that the H3K27me3 epigenetic mark is removed in some plant proximity response genes.

Based on these data, we analyzed the impact that the activity of PIFs can have on the levels of H3K27me3. Using mutant and transgenic lines of the model plant Arabidopsis thaliana we were able to correlate the expression of genes in response to shade and correlate them with the levels of H3K27me3 analyzed by chromatin immunoprecipitation (ChIP).


© CBLTIC Campus del Baix Llobregat - UPC